राष्ट्रीय उच्चतर शिक्षा अभियान के प्रमुख उद्देश्य इस प्रकार हैं:

• अनिवार्य गुणवत्ता आश्वासन ढांचे को मान्यता के रूप में अपनाना तथा  निर्धारित मानदंडों और मानकों के अनुरूप सुनिश्चित करना जिससे राज्य संस्थाओं की समग्र गुणवत्ता में सुधार लाया जा सके|
• राज्य स्तर पर योजना और नियोजन हेतु एक सुगम संस्थागत संरचना का निर्माण,राज्य विश्वविद्यालयों में स्वायत्तता को बढ़ावा देकर एवं संस्थानों में शासन में सुधार करके राज्य उच्च शिक्षा प्रणाली में प्रवेशक परिवर्तनकारी सुधार लाना|
• संबद्धता, शैक्षणिक और परीक्षा प्रणालियों में सुधार सुनिश्चित।
• सभी उच्च शिक्षा संस्थानों में गुणवत्ता संकाय की पर्याप्त उपलब्धता के साथ-साथ सभी स्तरों पर क्षमता निर्माण सुनिश्चित करना।
• अनुसंधान एवं नवाचारों के लिए स्वयं को समर्पित करने हेतु उच्च शैक्षणिक संस्थानों में एक सक्षम वातावरण बनाएं रखना।
• नामांकन लक्ष्यों को प्राप्त करने के लिए मौजूदा संस्थानों में अतिरिक्त क्षमताएं सृजित करना तथा नए संस्थानों की स्थापना करना जिससे संस्थागत आधार का विस्तार किया जा सके|
• असेवित एवं अयोग्य क्षेत्रों में संस्थान स्थापित करके उच्च शिक्षा को प्राप्त करने में उत्पन्न क्षेत्रीय असंतुलन का सुधार करना।
• अनुसूचित जाति / अनुसूचित जनजाति और सामाजिक और शैक्षिक रूप से पिछड़े वर्गों के लिए उच्च शिक्षा के पर्याप्त अवसर प्रदान करके उच्च शिक्षा में निष्पक्षता लाना तथा महिलाओं, अल्पसंख्यकों और अलग-अलग विकलांग व्यक्तियों को इसमें शामिल करने के लिए  बढ़ावा देना।